Con la finalidad de canalizar adecuadamente la participación de sus asociados, CONFIEP se organiza de la siguiente manera:

Presidencia
Representante legal de la institución en los actos públicos y privados.
Preside el Consejo Directivo y el Comité Ejecutivo.
Presidenta 2019-2021: María Isabel León de Céspedes.

Gerencia Legal
Es el órgano responsable de atender los aspectos jurídicos legales de CONFIEP. La Gerencia Legal es responsable de analizar las normas legales, tributarias y regulatorias transversales y sectoriales, realizar el monitoreo de los temas legislativos y emitir las cartas de opinión que correspondan.
Gerente de Legal: Viveca Amorós Kohn.

Gerencia de Regiones y Pymes
Área que coordina, brinda soporte y da seguimiento a las acciones que se realizan de la mano con los gremios empresariales representativos al interior del país. Asimismo, desarrolla propuestas que fortalezcan la interlocución y representación del empresariado en las regiones con las autoridades locales y regionales. Esta gerencia promueve, además, actividades relacionadas con el sector de la Pequeña y Mediana Empresa a través de la coordinación y enlace con los gremios PYMES representativos.
Gerente de Regiones y Pymes: José Luis Altamiza Nieto.

Dirección de Comunicaciones
Es el área responsable de la planificación, desarrollo y difusión de las actividades de comunicación del gremio ante los medios de comunicación y públicos internos. Es también responsable del protocolo y las relaciones públicas institucionales.
Directora de Comunicaciones: Nurik Valenzuela
Consejo Directivo
A cargo de la dirección y ejecución de los asuntos institucionales. Este es elegido, junto con el presidente, cada dos años.
Consejo Consultivo
Integrado por los ex-Presidentes. Aporta opinión y experiencia a la toma de decisiones de la institución.