Con la finalidad de canalizar adecuadamente la participación de sus asociados, CONFIEP se organiza de la siguiente manera:

Presidencia
Representante legal de la institución en los actos públicos y privados.
Preside el Consejo Directivo y el Comité Ejecutivo.
Presidente 2023-2025: Alfonso Bustamante Canny

Gerente General:
Gabriel Daly Turcke.

Gerente de Legal, Administración y Finanzas:
Viveca Amorós Kohn.

Gerente de Programas de Desarrollo :
José Luis Altamiza Nieto.
Consejo Directivo
A cargo de la dirección y ejecución de los asuntos institucionales. Este es elegido, junto con el presidente, cada dos años.
Consejo Consultivo
Integrado por los ex-Presidentes. Aporta opinión y experiencia a la toma de decisiones de la institución.